История о четырех братьях-ниндзя, сражающихся на стороне добра. Но они не люди, они черепахи-мутанты. Когда-то давно они были простыми черепашками, попавшими в мутаген, позволивший им стать человекоподобными: они встали на задние лапы, да и в целом подросли. Искусству ниндзюцу их обучает мастер-сэнсей Сплинтер, тоже мутант, но, в отличие от братьев, он крыса. Сплинтер фактически заменил черепашкам отца. Так же у них есть друзья, рыжеволосая Эйприл О'Нил и борец с преступностью, Кейси Джонс.
Главными противниками этой банды является коварный дуэт, состоящий из главы клана Фут, Шреддера, и правителя Измерения Икс, Крэнга.
